Kambodsja var tidligere en av grunnsteinene i det mektige Khmerriket som regjerte over store områder av det nåværende Vietnam, Laos og Thailand. Fra det første århundret fantes det en rekke bosetninger langs kystlinjen som da ble dominert av khmer-ere. Bosetningene var viktige for handelssystemet og fungerte som stoppesteder for båter som dro fra Bengal til de sørlige provinsene i Kina.
Det er mest sannsynlig at Kambodsja var en samling av små stater mellom det første og det åttende århundret. Alle disse hadde sine egne eliter som ofte erklærte krig mot hverandre. Funan var det største av disse voksende rikene og var sentral når det kommer til overføringen av indisk kultur til Kambodsjas indre.
Den kambodsjanske regionen ble gradvis mer sammenhengende. Etter hvert ble de spredte rikene i Kambodsja det største imperiet i Sørøst-Asia. I dag drar mange khmerer som drar på pilegrimsreise til det hellige fjellet Phnom Kulen, nordøst for Angkor. Her finnes en inskripsjon som forteller om Jayavarman II som utropte seg selv om universalmonark (devarjaja = gud-konge) i 802.
Jayavarman II tok landet tilbake fra javanesere som første å kontrollere den sørligste delen av Kambodsja og var den første monarken som hersket over det meste av det som kalles Kambodsja i dag. Han var en av de første i en lang rekke av konger som hersket over Sørøst-Asias største rike og bidro til å testamentere arven etter det mektige Angkor-imperiet.
Nøkkelen til Angkors sterke posisjon var et komplekst hydraulisk system som gjorde det mulig for khmerene å temme elementene. De massive vanningsverkene kom til nytte for populasjonen under ledelsen av Indravarman (877-89) som bygget et reservoar samt templer i Rolous området.
Ved slutten av det ellevte århundret mistet Angkor-riket kontroll over territoriene. Suyavarman (1002-49) tilranet seg tronen og samlet riket gjennom krig og allianser. Den Angkoranske perioden er preget av gjentatte uroligheter fulgt av gjenforening og videre ekspansjon under en mektig konge.
Kongen Jayarman VII (1181-1219) var en troende buddhist som bygde byen Angkor Thom og mange andre storslagne fundamenter. Mange av templene som er populære reisemål rundt Angkor i dag ble konstruert i løpet av hans regjeringsperiode. På en side blir han sett på som Kambodsjas første sosialistiske leder som sørget for å oppløse kastene og igangsatte bygging av skoler, sykehus og veier. På den andre siden utnyttet han arbeiderne ved å konstruere templene og andre bygninger i en voldsom fart. Dette gikk hardt utover befolkningen og bidro til Angkors fall.
Religiøse konflikter bidro til alvorlige sammenstøt og kongene ble mer opptatt av å ødelegge forgjengernes templer enn å reise egne byggverk. Fra tid til annen endte urolighetene med borgerkriger.
Fra 1600 og til franskmennene kom i 1863 ble kongene som hersket stadig plaget av rivaler. Når slike intriger pågikk søkte de beskyttelse fra Thailand eller Vietnam. Hjelpen ble ikke gitt gratis. På 1600-tallet kom styrker fra det sørlig Vietnam til Kambodsja for å hjelpe den daværende kongen i bytte for at vietnamesere fikk bosette seg i regionen Mekong Delta. Fremdeles bor det stort sett vietnamesere i dette området.
Frankrike tok kontroll over Kambodsja fordi de hadde interesser i Vietnam, og i 1907 hjalp Frankrike til med presse Thailand til å returnere de nordvestlige provinsene Battambang, Siem Reap og Sisophon i bytte mot Lao-territoriet. I løpet av den andre verdenskrig lot japanerne franske allierte kontrollere Kambodsja mot at Thailand fikk Battambang og Siem Reap provinsene tilbake.
Under kong Norodom Sihanouk ble Kambodsja frigjort fra fransk kontroll i 1953, og landet ble et konstitusjonelt monarki. Han erklærte en offisiell nøytralitetspolitikk i Den kalde krigen, men ble styrtet i et militærkupp som fikk støtte fra USA.
Mellom 1969 og 1973 bombet sørvietnamesiske og amerikanske fly Kambodsja i et forsøk på å bekjempe Viet Cong og Røde Khmer, og hele to millioner kambodsjanere ble flyktninger i løpet av krigen.
I 1975 var 75 % av alle husdyr drept og folk var alvorlig underernærte. Det kommunistiske partiet Røde Khmer tok makten i 1975, og ble ledet av Pol Pot. Mellom en og to millioner kambodsjanere (befolkningen var på 8 millioner) døde ved henrettelser, overarbeid, sult og sykdom. Flere hundre tusen flyktet over grensen til Thailand.
Selv om en omfattende fredsavtale ble undertegnet i 1991 var det urolig i flere år etter dette, men i 2002 ble det foretatt lokale valg i et forsøk på å bygge opp grasrot-demokratiet i landet. Gjenoppbyggingsarbeidet har ført til politisk stabilitet, selv om tilliten til den nåværende regjeringen ikke er helt uten forbehold.
Til tross for at Kambodsja er rikt på naturressurser ble landet økonomisk ødelagt etter Pol Pots regime. Tropisk regnskog var lenge landets viktigste ressurs og i 20 år ble det solgt enorme mengder av tømmer for å finansiere krigene. Nå har kritikkløs tre-hogst blitt et stort miljøproblem. Forbudet mot vidtgående hogst som ble vedtatt i 1993 blir stort sett ignorert.
I løpet av de siste årene har landet blitt en av regionens mest investeringsvennlige økonomier. Andelen fattige har gått ned fra 50 % til 27 % mellom 1993-2009. Sammen med Nepal er Kambodsja det minst utviklede landet som er medlem av WTO. Likevel er den offisielle utenrikshandelen beskjeden, men det foregår utstrakt illegal handel i grensetraktene. Fremskrittet hemmes for øvrig av utbredt korrupsjon.
En stor del av befolkningen lever av jordbruk, og de viktigste produktene er ris, mais, sukkerroer og bananer. Elevene er fiskerike.
Kambodsja er avhengig av utenlandsk bistand og lån. I 2010 ble det satt ny rekord i utenlandsk bistand til landets utvikling. 1,1 milliarder dollar, som utgjør nesten halvparten av landets statsbudsjett ble gitt i bistand dette året.